USA (1982) Ein Forschungsschiff der Föderation begibt sich zu einem Wüstenplaneten, um Tests für das Projekt Genesis durchzuführen. Unter der Leitung von Dr. Carol Marcus will man versuchen, unwirtliche Himmelskörper durch das sogenannte Terraforming für die Besiedelung durch Menschen nutzbar zu machen. Doch auf dem Planeten gibt es bereits Bewohner unter der Führung von Khan Noonien Singh (Ricardo Montalbán).
Der genmanipulierte Mensch wurde einst von James T. Kirk ins Exil verbannt und will sich nun an seinem einstigen Widersacher rächen. Khan tötet einen Großteil der Besatzung und bringt den Rest in seine Gewalt. Dazu gehören auch Marcus' Sohn David und Lieutenant Chekov . Ein Hilferuf von Dr. Marcus, mit der Kirk einst ein Verhältnis hatte, erreicht ihn, als er gerade zu einer Inspektion an Bord der "U.S.S. Enterprise" ist. Der Admiral übernimmt sofort das Kommando von Captain Spock . Als sie sich dem Forschungsschiff nähern, werden sie angegriffen, dabei wird die Enterprise schwer beschädigt.
Khan will sich mit aller Macht des Genesis-Projekts bemächtigen. Admiral Kirk muss jedoch nicht nur um sein eigenes Leben fürchten. Zum einen erfährt er, dass David sein Sohn ist, zum anderen ist sein alter Freund Spock bereit, alles zu opfern, um Khans Pläne zu vereiteln.

Hintergrundinformationen: Obwohl der zweite Kinofilm der "Star Trek"-Reihe mit einem Bruchteil des Budgets seines erfolgreichen Vorgängers auskommen musste, überzeugte das Ergebnis Kritiker und Publikum gleichermaßen. Förderlich war dabei, dass Regisseur Nicholas Meyer auf die komplette Besetzung der Hauptcharaktere des ersten Films zurückgreifen konnte. Durch den Erfolg war eine weitere Fortsetzung praktisch garantiert und folgte auch bereits zwei Jahre später. Großen Aufruhr verursachte ein Gerücht, das sich bereits vor Veröffentlichung des Films verbreitete. Leonard Nimoy hatte signalisiert, dass er nicht mehr an der Rolle des Spock interessiert sei. Nur mit dem Ableben des markanten Vulkaniers war der Schauspieler zu bewegen, die Rolle noch einmal zu übernehmen. Aufgrund der heftigen Reaktionen wurde zunächst das Drehbuch geändert, später blieb Nimoy dem "Star Trek"-Kosmos nicht nur als Spock treu - als Regisseur inszenierte er sogar die beiden folgenden Langfilme.