USA / Tschechische Republik (2002) Irgendwo im Mittelmeer wird ein Unbekannter von einem Fischerboot entdeckt und an Bord gezogen. Der junge Mann ist schwer verletzt, ihm wurde zwei Mal in den Rücken geschossen. Hinzu kommt eine starke Amnesie, er erinnert sich an nichts mehr aus seiner Vergangenheit. Weder an seinen Namen, noch daran, weshalb er schwer verletzt im Meer treibt. Der Arzt an Bord entdeckt unter seiner Haut ein Implantat mit einer Schweizer Bankkontonummer. Kurz darauf macht er sich auf den Weg nach Zürich. In dem Schließfach befinden sich mehrere Identitätsausweise verschiedener Nationen, viel Geld und eine Waffe. Allmählich versteht er, dass er unter dem Namen Jason Bourne einerseits als Agent im Staatsdienst, andererseits auch als Auftragskiller tätig gewesen sein muss. Auf der Flucht vor der Polizei, lernt er die deutsche Studentin Marie kennen. Die beiden kommen sowohl einander als auch dem gefährlichen Geheimnis um Bournes Identität näher.